片刻之后，众人陆续苏醒，起身寻找彼此。
途中屡遇阻截者，但敌手实力平平。本田广以微弱优势取胜，顺利与队友汇合。随后，又撞上武藤游戏一行人。
至此，分散的队伍终于重聚。
唯有一人缺席，海马木马，已被五位巨人强行掳走。为营救木马，武藤游戏团队决意联手海马濑人，共同讨伐五泰坦。
多方搜寻后，众人锁定五巨所在，随即展开决战。战况恢弘震撼，节奏跌宕起伏，最终英雄一方大获全胜，并迎来最后一名对手，海马奈雅。
海马奈雅，是海马刚三郎的亲生子、海马濑人的养兄。少年时容貌气质酷似濑人，却因车祸重创，仅靠维生机械苟延残喘。为向海马濑人复仇，他早将每一步都算计周全。
他以木马性命相挟，逼得濑人束手无策，最终反遭压制，化作一尊冰冷石像。
战斗刚落幕，他便击垮了拥有整整一万点生命值、以及数百点额外生命的海马奈雅。可就在海马奈雅倒下的瞬间，天空骤然异变，一张人脸赫然浮现在苍穹之上。
从那人的话语中，武藤游戏一行人终于明白：此人正是海马刚三郎，海马濑人的生父。
早年，他亲手设计出一套虚拟现实系统；可后来，海马坂三郎竟将这项技术转用于军事目的，密谋覆灭整个世界。事情败露后，海马濑人联手情报部门接管了海马公司，并逼迫海马坂三郎走上绝路。
临终前，他借虚拟现实之力，将自己的意识编码为一段程序，永久蛰伏于网络深处。而海马奈雅，不过是他宏大计划里一枚早已备好的棋子。
真相揭晓，众人怒不可遏；但眼下最紧迫的，是逃出这座钢铁要塞，因为海马坂三郎早已遥控导弹，锁定了此处。
几经转折，他们终于冲上飞机，在火箭轰击堡垒前的最后一秒，险之又险地避开了粉身碎骨的命运。
然而，当海马奈雅取回海马濑人的遗体后，却毅然选择舍弃肉身，重返虚拟空间，与海马刚三郎一同走向彻底消亡。
武藤游戏等人乘机升空，直赴最终战场，为最后的对决蓄势待发。
地平线忽地划过一道刺目强光，两名沉睡的女孩同时惊醒。苏荃凝神远眺，越来越清晰的轮廓告诉她：决斗已近尾声。
闯入半决赛的四人分别是：武藤游戏、暗马利克、马利克，以及奇萨拉。
淘汰赛阶段，因暗马利克陷入昏迷，其体内潜藏的黑暗人格强势浮现，暴戾、冲动、毫无顾忌。他挥动千年铁棒，令对手落败后当场昏厥。
武藤游戏的同伴们对他这副嘴脸深恶痛绝，纷纷立誓：此战必将其彻底击败。
航程中，沙迪已向武藤游戏透露：最终之地藏有三张神之卡，以及七件能开启记忆之门的千年神器；唯独神圣惩罚之龙尚缺的那对羽翼，至今下落不明。
开局便是一场混战，四人实力难分伯仲，谁胜谁负尚未可知，只勉强确认了各自的对手，
武藤游戏对阵马利克，奇萨拉则迎战濑户海马……
首场对决，由武藤游戏与马利克打响。众人乘电梯直抵塔顶的决斗平台。
马利克手中那柄巨大神具的威势，令全场屏息，它既能清空对方场上全部怪兽，再造成四千点直接伤害；又能无上限提升自身攻击力，骇人至极。
武藤游戏的朋友们攥紧拳头，额角渗汗，纷纷在他踏入决斗阶段前高声助威。
这场对决之后，马利克向众人揭开了部族往事，大家这才懂他为何如此憎恨守墓一族。武藤游戏起初并不知晓自己肩负使命的来由，但听完故事，心底悄然涌起一丝歉意，他决心救回被黑暗人格吞噬的马利克。
“马利克，这一战，我要打垮你心里那个邪恶的影子！”武藤游戏握紧刚抽到的怪兽卡，目光灼灼盯住眼前之人。
可这对马利克毫无威慑力。他嘴角一扬，露出古怪笑意：“呵……呵……呵，是吗？那我倒要试试。”
终局时刻，马利克催动千年锡杖，硬生生将常规决斗扭转为黑暗仪式，黑雾翻涌，顷刻吞没整座竞技场。
浓雾之中，两人左上角各自浮现出一个虚影，那是被强行剥离的本我灵魂，此刻成了他们外在人格的具象化身。
“你……你怎么会在这儿？！”武藤游戏望着左上角突然现身的身影，心头一震。
马利克瞥见他脸上惊愕，轻笑一声：“瞧见了吗？这是我为你准备的新祭品。”
“马利克，你到底想干什么？”武藤盯着自己的灵魂被当作牺牲品，声音发紧。
马利克未作回应，只把抉择权推还给他。
随着战况胶着，武藤游戏终于参透对方用意，每次自己生命值减少，游戏中的本体灵魂就随之残缺一分；一旦归零，现实里的武藤游戏，也将真正死去。
这份算计，让他前所未有的愤怒，更对马利克以命相搏的决绝感到锥心之痛。
每看到自己灵魂的影像又黯淡一分，心口就像被钝刀反复割裂。
激战至终章，武藤游戏终于压住马利克，可若真将黑暗人格击溃，马利克本人也将魂飞魄散。这道两难之局，让他迟迟无法落子，毕竟，他对守墓一族，早已怀有深深愧疚。
“怎么？我们赢不了？！”马利克冷笑着，一眼看穿他内心的挣扎。
“游戏，别再犹豫了！我已经接受死亡！”场外忽然传来微弱却清晰的声音。虽出自高崎恭子之口，武藤游戏却立刻听出，那不是她。
陈内科也愣住了，一把摇住真崎星子：“星子，这话真是你说的？你到底在说什么？”
高崎恭子毫不理会奈子的惊呼，继续说道：“请亲手击碎我和我共同孕育出的邪心！”话音未落，又补了一句：“别管奈子。”
“游戏中，我曾发誓向你复仇……可如今才懂，真正杀死我父亲的，是我内心那个另一面。”
此时众人方才醒悟：高崎恭子的躯体，原是借自马利克。伊西丝心头一紧，急切追问：“马利克，你还好吗？”
“这是法老的最终裁决！”话音刚落，高崎恭子身形一软，重重倒地。马利克的手表正操控着她的身体，却因灵魂能量枯竭而失控，意识瞬间涣散。
望着地上失去知觉的马利克，武藤游戏的心，此刻五味杂陈。
然而，马利克万万没料到，自己脱口而出的那番话，反而成了横亘在他与武藤游戏决斗之间的一道高墙。牧崎恭子倒下后，武藤游戏不再执着于击败安马利克，满心只想着如何护住他。
起初那点微弱的主动权，也在一次次拼死抵抗中被消磨殆尽，只要再挨一次重击，武藤的生命值就会归零。
就在此时，局势陡然生变。
田野尽头，一个踉跄的身影缓缓浮现，步履沉重却执拗地朝这边靠近。
“李希德！你还活着？真了不起！”
他咬紧牙关，一寸寸挪近，却被安马利克挥起千年锡杖狠狠推开；刚稳住身形，又立刻迎上前去，推、退、再进、再推……反复拉锯，毫不退让。
当他再度逼近时，安马利克已高举千年锡制魔杖，欲以威势逼退巫妖。可就在那一瞬，他脸上肌肉骤然绷紧，眼神剧烈晃动，被压制已久的本我意志猛烈反扑，几乎要撕裂黑暗的掌控。
马利克双手死死按住太阳穴，嘶声喊出：“快攻击我！动手啊，游戏！”
“马利克！”武藤游戏听清这句话，毫不犹豫发动攻势。
这一击奏效了，方尖碑所承载的庞大神圣武气轰然溃散，那被操控的灵魂终于挣脱桎梏，重获主导权。
尽管仍受黑暗力量侵蚀，马利克的决斗台却纹丝不动。他最终选择认输，依照自己立下的规则，彻底出局。这场对决，就此落幕。
紧接着，在奇萨拉与海马的较量中，奇萨拉以压倒性优势取胜。
决赛，将在奇萨拉与武藤游戏之间展开。
开战前，苏荃先为奇萨拉做了验证，确认她确实能驾驭神之卡。随后，他将视若珍宝的“太阳神之翼”郑重交到她手中。
至此，开启法老记忆之门所需的三张圣卡，全部集齐。
“跳舞，别怕，我们一定能平安回来！”苏荃与孔雀舞紧紧相拥，随即启程奔赴埃及。
六个月前，决斗之城大赛中，奇萨拉与武藤游戏激战至终局，结果握手言和。而苏荃也曾在赛后与武藤游戏深谈，并承诺：待他开启记忆之门时，便借出那张由太阳神亲手绘就的有翼龙卡。
近日，正在外地旅行的苏荃接到武藤游戏来电，对方已准备妥当，即将开启记忆之门，恳请他速赴埃及。
那里，正有一场事关重大的现场等待揭开。
苏荃与奇萨拉，是三千年前埃及浩劫中幸存下来的亲历者；借助法老的记忆回溯，他们理应能顺利进入古埃及时空。但孔雀舞不同，她是彻头彻尾的现代人，毫无防护之力。为保她周全，苏荃坚持将她留在当下世界。
尽管孔雀舞反复恳求、据理力争，苏荃态度始终坚定。最终，她只得含泪驻足，目送两人远行。
飞机降落在埃及机场时，穆托与几位同伴早已等候多时。随行的还有墓卫一族三位核心成员：伊希斯、马利克与利希德。